ランチパッド(Launchpad)の状態がおかしくなった場合、ターミナルを開いて以下を実行すると初期状態にリセットされます。
アップグレードを繰り返したり、古いバージョンでLaunchPad? Controlを使ってカスタマイズなどをしているとおかしくなる様子。(同じアプリのアイコンが二つ表示されるなど)
初期状態に戻るため、カスタマイズはまたしなくてはならないが、とにかくこんがらがった時に役に立ちそうです。
defaults write com.apple.dock ResetLaunchPad? -bool true; killall Dock
古いバージョンはまた違う動作のため気をつけされたし。
http://osxdaily.com/2015/05/05/reset-launchpad-layout-mac-os-x/